Folkekirkens mellemkirkelige Råd finansieres primært ved bidrag fra folkekirkens fællesfond (for 2019 kr. 9.516.900). Et mindre bidrag kommer fra finansloven (for 2019 362.000 kr.).
Folkekirkens mellemkirkelige Råd har bl.a. ansvaret for at betale folkekirkens kontingenter til de kirkelige organisationer, som folkekirken er medlem af. Ca. 35 % af Rådets samlede budget bruges på at betale kontingenter til de kirkelige organisationer.
Download årsregnskaberne her: