Ved mellemkirkeligt arbejde forstår man de kristne kirkesamfunds kontakter og samtaler med hinanden. Formålet er at skabe forståelse og respekt for andre kirker og trossamfund trods forskelle i lære og tradition. Gennem kontakterne lærer de enkelte kirker også deres egen tradition bedre at kende.
Tidligere bestod de mellemkirkelige relationer i forholdet til frikirker og den katolske kirke i Danmark samt i forholdet til forskellige kirkesamfund uden for landets grænser. Men i dag kan det mellemkirkelige arbejde i Danmark lige så vel bestå i relationen mellem folkekirken og de mange migrantmenigheder, som findes rundt omkring i landet.
Konkret kan det mellemkirkelige arbejde tage form på mange måder, det kan for eksempel være gennem møder, samtaler, personlige relationer, eller det kan være gennem arrangementer såsom konferencer, gudstjenester, rejser eller andet. Desuden kan det være i form af fortalervirksomhed, det, at folkekirken forsvarer mindretalskirker i Danmark eller i udlandet.
Det mellemkirkelige arbejde kan finde sted på helt lokalt plan, mellem mennesker og mellem menigheder, og det kan finde sted på internationalt plan, for eksempel igennem internationale organisationer som Det lutherske Verdensforbund eller Kirkernes Verdensråd, som folkekirken er medlem af.
Nogle gange anvendes et andet ord end mellemkirkeligt, nemlig økumeni, en oldgræsk betegnelse for den beboede verden. Økumenien eller det økumeniske arbejde betegner samarbejdet og samtalen mellem kristne kirkesamfund med henblik på at skabe enhed i kristenheden.
I Paulus' brev til Efeserne kapitel 4 siger Jesus, at vi er kaldet til at være ét: "ét legeme og én ånd, ligesom I jo også blev kaldet til ét håb; én Herre, én tro, én dåb; én Gud og alles fader, som er over alle, gennem alle og i alle."
Det er denne opfordring fra Jesus Kristus til, at kristne søger enhed, som de økumeniske organisationer, såvel som det mellemkirkelige arbejde, på sin vis forsøger at efterkomme.